武昌工学院有超过1400个系，分布在不同的学院。根据专业分类，可以将学院划分为理工学院、经济管理学院、外语学院、法学院、文学院、教育学院、新闻传播学院、艺术学院、体育学院、计算机学院、软件学院、医学院、电子信息学院、口腔医学院、财政学院、公共管理学院、国际学院、公共政策与社会发展学院、社会科学学院、马克思主义学院、职业技术教育学院等等。
依据学科分类，武昌工学院拥有的系涵盖了工科、理工、建筑、材料、管理、经济、法律、外语、文学、教育、新闻、艺术、体育、计算机、软件、医学、电子信息、口腔医学、财政、公共管理、国际、公共政策与社会发展、社会科学、马克思主义、职业技术教育等学科。
有关学院的系有：理工学院有机械工程系、电气工程系、自动化系、环境科学与工程系、化学系、材料科学与工程系、测绘科学与工程系、土木工程系、海洋工程系、生物工程系、计算机科学与技术系、软件工程系、数学系等；经济管理学院有经济学系、金融学系、国际商务系、信息管理系、工商管理系等；外语学院有英语系、日语系、法语系、俄语系等；文学院有中国语言文学系、外国语言文学系、新闻传播学系、翻译系、政治学系等；教育学院有教育学系、学前教育系、体育教育系、艺术教育系等；新闻传播学院有新闻学系、传播学系、广播电视系、图书馆学系等；艺术学院有美术学系、设计艺术学系、戏剧影视文学系等；体育学院有体育教育系、田径系、体育经济管理系等；计算机学院有计算机科学与技术系、软件工程系、网络空间安全系等；软件学院有软件工程系、计算机科学与技术系、网络空间安全系等；医学院有口腔医学系、预防医学系、药学系、护理学系、医学信息系等；电子信息学院有电子信息科学与技术系、电子科学与技术系、应用电子技术系等；口腔医学院有口腔医学系、口腔修复系、口腔预防系等；财政学院有财政学系、金融工程系、税务系等；公共管理学院有公共管理系、行政管理系等；国际学院有国际经济与贸易系、国际政治学系等；公共政策与社会发展学院有公共政策系、社会发展系等；社会科学学院有社会学系、心理学系、社会工作系等；马克思主义学院有马克思主义理论系、政治学系等；职业技术教育学院有职业技术教育系、水利水电工程系、环境与资源系等。
武昌工学院的系数量多，涵盖了各个学科，为学生提供了丰富的课程选择，助力学生在深造中发展和获得成功。
